Uważa się, że nazwa pochodzi od hydronimu rzeki Bośni przepływającej przez środkową Bośnię. W czasach starożytnych funkcjonowały dwie nazwy: Bossina i Bosona. Według filologa Antona Mayera nazwa Bosna mogłaby pochodzić od iliryjskiego „Bass-an-as”, co pochodzi od protoindoeuropejskiego rdzenia „bos” lub „bogh” – oznaczającego „bieżącą wodę”. Według angielskiego mediewisty Williama Millera, słowiańscy osadnicy w Bośni „zaadaptowali łacińskie wyrażenie [...] Basante, do własnego języka, nazywając strumień Bośnia i siebie Bośniakami.
Pochodzenie nazwy Hercegowina („ziemia herzoga”, od niemieckiego słowa „książę”) sięga XV wieku i pochodzi od tytułu bośniackiego magnata Stjepana Vukčića Kosača, „Herceg (Herzog) z Hum i wybrzeża” (1448). Przez dodanie końcówki -ovina (kraj), teren przez niego zajmowany oto był rozpoznawany jako Herzegovina. Hum, dawniej Zahumle, było wczesnośredniowiecznym księstwem, które zostało podbite przez Banat Bośni w pierwszej połowie XIV wieku. Region był administrowany przez Osmanów jako Sandżak Hercegowiny (Hersek) w Ejalecie Bośni, aż do powstania krótkotrwałego Ejaletu Hercegowiny w latach 30. XIX wieku, który to ponownie pojawił się w latach 50.