Wobec zagrożenia konfliktem zbrojnym został zmobilizowany w 1939, a po wybuchu II wojny światowej brał udział w kampanii wrześniowej. Dostał się do niewoli niemieckiej pod Sądową Wisznią. Następnie był więziony w obozie jenieckim w Krakowie, z którego zbiegł w grudniu 1939 i wrócił do Przemyśla. Od grudnia 1939 działał w ZWZ. Został awansowany do stopnia kapitana służby stałejAndrzej Zagórski, Konspiracja w Sanoku w okresie okupacji. W latach II wojny światowej i konspiracji w: Sanok. Dzieje miasta. Praca zbiorowa pod redakcją Feliksa Kiryka, s. 743.. W konspiracji funkcjonował używając pseudonimów „Korwin” i „Ordon” oraz fałszywej tożsamości Władysław Węgrzynowski podczas działalności w SanokuAndrzej Zagórski, Konspiracja w Sanoku w okresie okupacji. W latach II wojny światowej i konspiracji w: Sanok. Dzieje miasta. Praca zbiorowa pod redakcją Feliksa Kiryka, s. 706.. Od kwietnia do listopada 1940 był komendantem Obwodu ZWZ w Przemyślu (wzgl. od maja do października 1940) następnie oficerem operacyjnym Inspektoratu Przemyśl. Wiosną przybył na teren sanocczyzny i dokonał tam odbudowy organizacyjnej Obwodu AK Sanok. Od 15 lutego 1943 komendant Obwodu AK w SanokuAndrzej Zagórski, Konspiracja w Sanoku w okresie okupacji. W latach II wojny światowej i konspiracji w: Sanok. Dzieje miasta.