Jedną z ważniejszych spraw, z jakimi podczas rządów arcybiskupich przyszło się Jakubowi zmierzyć, była walka o jedność polskiego Kościoła. Szczególnie drażliwa była tutaj sprawa kościelnej przynależności ziemi słupskiej i gdańskiej (za pośrednictwem diecezji włocławskiej) do arcybiskupstwa (zwłaszcza po 1309 r.) i opór przed rosnącym w siłę żywiołem niemieckim. Ten drugi problem stał się bardzo palący, gdy kilka klasztorów reguły franciszkańskiej z Dolnego Śląska zapragnęło opuścić czesko-polską prowincję tego zakonu, by przyłączyć się do saskiej.
thumb|Jakub powierza klerykowi Mikołajowi i bratu jego Piotrowi osadzenie miasta Kurzelowa na prawie średzkim. W tym też celu Jakub Świnka zwołał 6 stycznia 1285 w Łęczycy synod, na którym pisał: „Ale i inne nieszczęścia pomnożyły się w kraju przez napływ tego narodu (tj. Niemców), albowiem naród polski jest przez nich uciskany, znieważany, nękany wojnami, pozbawionych chwalebnych praw i zwyczajów ojczystych”. Wydano wówczas ustawy, które wręcz nakazały mówić kazania w języku polskim. Kolejne synody z udziałem duchownych z całej Polski Jakub Świnka zwoływał w odstępie kilku lat: 26 października 1287 ponownie w Łęczycy, 14 października 1290 w Gnieźnie, w kwietniu 1298 r. ponownie w Gnieźnie, w maju 1306 w nieznanym miejscu i wreszcie w maju 1309 r.