Najważniejsze z tych czynników to m.in.:
regulacja i obwałowanie koryta Warty, przecięcie doliny autostradą A2 wzdłuż granicy Parku, rezygnacja z wypasu zwierząt gospodarskich przez rolników indywidualnych – zamiana na użytkowanie kośne, orne, lub porzucanie gruntów, budowa zbiornika Jeziorsko (1986) oraz jego bieżące funkcjonowanie. alt=Storczyk błotny|mały|Storczyk błotny w Nadwarciańskim Parku Krajobrazowym. Park stanowi jedyne miejsce występowania tego gatunku w Wielkopolsce. Dla zachowania siedlisk lęgowych ptaków wodno-błotnych na tym obszarze niezbędne są coroczne, wiosenne wezbrania Warty, powodujące powstanie rozlewisk na dnie doliny. Ze względu na obniżenie szczytu przepływu przez zbiornik Jeziorsko oraz coraz częstsze bezśnieżne zimy, cykl wezbrań staje się nieprzewidywalny. Obserwowane pogarszające się warunki siedliskowe dla ptaków wodno-błotnych wynikają z jednej strony z coraz mniejszej powierzchni wczesnowiosennych rozlewisk, a z drugiej strony – nagłych wezbrań pojawiających się w szczycie sezonu lęgowego (przełom wiosny i lata).
Turystyka Nadwarciański Park Narodowy stwarza dogodne warunki do uprawiania ekoturystyki – należy mieć jednak na uwadze, że okresowo niektóre odcinki szlaków pieszych i rowerowych mogą być zalane lub silnie podmokłe.