W systemie APG IV z 2016 relacje między zieleńcowcami, magnioliowymi i innymi grupami okrytonasiennych przedstawiane były jako wciąż prowizoryczne i niepewne.

Pozycja systematyczna według APweb (aktualizowany system APG IV z 2016)

Przez dłuższy czas na początku XXI wieku relacje filogenetyczne sytuujące zieleńcowce jako siostrzane względem magnoliowych, a wraz z nimi tworzące grupę siostrzaną dla kladu obejmującego kolejno odchodzące linie rozwojowe jednoliściennych, rogatkowców i dwuliściennych właściwych, zdawały się być dobrze potwierdzane analizami DNA plastydowego. W końcu drugiego dziesięciolecia obraz tych relacji zaczął się zmieniać z powodu włączenia szerszego spektrum danych genetycznych. Wskazywać zaczęto na bliskie pokrewieństwo zieleńcowców z rogatkowcami, w niektórych badaniach wręcz na siostrzaną relację tych rzędów, mających tworzyć wspólny klad (np. badania DNA mitochondrialnego oraz morfologii). Yang i in. (2020) stwierdzili, że w czasie jury najpierw oddzieliły się linie rozwojowe jednoliściennych, następnie magnoliowych, w czasie późnej jury – zieleńcowców, rogatkowców i w końcu już w kredzie nastąpiło