W roku 2002 Štěpánek osiągnął kolejne finały turniejowe w deblu, wygrywając w Monachium z Petrem Luxą. Dodatkowo awansował do finału wielkoszlemowego US Open. Partnerem deblowym Czecha był Jiří Novák, jednak finałowe spotkanie przegrali z Maheshem Bhupathim i Maksem Mirnym.
Rok 2003 Czech zakończył mając w swoim dorobku zwycięstwo deblowe Petrem Luxą w Mediolanie. W finale pokonali innych Czechów, Tomáša Cibuleca oraz Pavela Víznera.
Sezon 2004 Štěpánek rozpoczął od finału gry podwójnej w Rotterdamie, gdzie razem z Paulem Hanleyem wygrali cały turniej. Następnie partnerując Jiříemu Novákowi odniósł zwycięstwo w Stuttgarcie. Trzeci w sezonie turniej Štěpánek wygrał w Delray Beach. Ponadto osiągnął również z Jonasem Björkmanem finał zawodów w Lyonie oraz awansował do pierwszego w karierze finału w grze pojedynczej, na kortach w Paryżu, podczas rozgrywek ATP Masters Series. Mecz finałowy Czech przegrał jednak z Maratem Safinem.
Kolejny rok, 2005, Štěpánek rozpoczął od wygranych w deblu w Marsylii i Dubaju. W obu turniejach grał w parze z Martinem Dammem.