Część Ojców Kościoła działających na Wschodzie odrzucała księgi deuterokanoniczne jako natchnione. Orygenes w swej analizie wskazywał na różnicę pomiędzy księgami wtórnokanonicznymi a kanonem. Atanazy, Cyryl Jerozolimski i Grzegorz z Nazjanzu, przygotowując katalog pism albo pomijali w ogóle te księgi, albo je włączali jako dodatki, Kościół Zachodu jednak uważał te księgi za kanoniczne. Kanoniczność ksiąg włączonych do Septuaginty odrzucał również Hieronim – tłumacz Wulgaty. Ponieważ na skutek tego w II i III wieku doszło do kilku sporów związanych z używanym kanonem Starego Testamentu, w IV wieku podczas Synodu w Hipponie i III Synodu w Kartaginie orzeczono równoprawność ksiąg pierwszego i drugiego kanonu („protokanonicznych” i „deuterokanonicznych”). Ostatecznie również Kościół na Wschodzie przyjął poglądy Zachodu i w roku 692 na Synodzie Trullańskim uznał autentyczność ksiąg deuterokanonicznych.
W okresie Reformacji jako pierwszy księgi deuterokanoniczne odrzucił Andreas Bodenstein w 1520 w swoim dziele De Canonicis Scripturis Libellus.