Transporter posiadał wyposażenie zapewniające ochronę załogi przed bronią masowego rażenia (pył radioaktywny, skażenia chemiczne i biologiczne).
Jeszcze przed uruchomieniem produkcji podjęto decyzję o zaprojektowaniu wersji uzbrojonej transportera, która ostatecznie otrzymała oznaczenie SKOT-2A. Zadanie to powierzono stronie polskiej, która zdecydowała się wykorzystać gotowy projekt wieży stosowanej w analogicznych konstrukcjach produkcji radzieckiej (BTR-60). W tym celu konieczne było przeprojektowanie przedziału desantowego. Kolejną wersją rozwojową tej konstrukcji był SKOT-2AP wyposażony w opracowaną w Wojskowej Akademii Technicznej zmodernizowaną wieżę pozwalającą na prowadzenie ognia także do celów powietrznych. Uzbrojone wersje transportera SKOT-2A (OT-64-2A) i 2AP pozwoliły na wykorzystanie go do bezpośredniego wsparcia piechoty na polu walki oraz współdziałania z czołgami w różnych rodzajach działań bojowych. W rezultacie wóz ten stał się obok czołgów podstawowym środkiem walki polskich i czechosłowackich wojsk zmechanizowanych. Opracowanie na bazie SKOT-a wersji specjalnych, jak wozy: inżynieryjne, artyleryjskie, łączności, techniczne i medyczne zapewniły wysoki poziom standaryzacji sprzętu pancernego ułatwiając jego zabezpieczenie logistyczne.