Gdy Atena pomagała Argosowi w budowie okrętu dla Jazona wyruszającego po złote runo, miała nakazać użycie twardego drewna dębów z dodońskiego świętego gajuMaria Ziółkowska: Gawędy o drzewach. Warszawa: Ludowa Spółdzielnia Wydawnicza, 1988, , s. 66.. Według innej wersji tego mitu, w dziobie statku „Argo” wmontowano kawał drewna ze świętego dębu z Dodony: potrafiło ono przemawiać ludzkim głosem i wskazywać żeglarzom drogę na morzuJan Parandowski: Mitologia. Wierzenia i podania Greków i Rzymian, Wydawnictwo Poznańskie, Poznań 1987, , s. 166..
Bardzo sławna wcześniej w świecie greckim wyrocznia miejscowa stopniowo traciła znaczenie na rzecz innej panhelleńskiej wyroczni w Delfach. Do ok. II wieku p.n.e. miała jedynie charakter lokalny. Ponadto w 219 p.n.e. miasto zostało zniszczone przez Etolczyków.
W odkryciu ruin Dodony i badaniach sfinansowanych w 1875 r. przez bankiera i polityka Konstantinosa Karapanosa, doniosły udział miał polski zesłaniec Zygmunt Mineyko. W ramach długotrwałych prac archeologicznych udało się odsłonić ruiny miasta