Dawni mieszkańcy wysp zostali przesiedleni w latach 1967–1973, najpierw na Mauritius, później także na Seszele. W 1976 roku archipelagi Aldabra i Farquhar oraz wyspę Desroches zwrócono Seszelom, po uzyskaniu przez nie niepodległościKomisja Standaryzacji Nazw Geograficznych poza Granicami Rzeczypospolitej Polskiej, Protokół z LXXXI posiedzenia, s. 4 (ostatni dostęp: 28 listopada 2013 r.).. Obecnie Terytorium obejmuje tylko sześć głównych grup wysp tworzących archipelag Czagos. Od lat 70. na największej i najdalej na południe wysuniętej wyspie terytorium Diego Garcia mieści się wspólna baza marynarki wojennej Wielkiej Brytanii i Stanów Zjednoczonych. Pozostałe wyspy Brytyjskiego Terytorium Oceanu Indyjskiego są niezamieszkane. W 2000 roku brytyjski Sąd Najwyższy unieważnił decyzję lokalnych władz imigracyjnych, na mocy której wysiedlono dawnych mieszkańców wysp, ale podtrzymał specjalny status wojskowy Diego Garcia. W 2024 r. Wielka Brytania ogłosiła, że przekaże suwerenność nad wyspami Czagos Mauritiusowi, pod warunkiem zawarcia traktatu stwierdzającego, że atol Diego Garcia pozostanie w dzierżawie Wielkiej Brytanii i Stanów Zjednoczonych przez 99 lat – podpisanie traktatu spełniającego ten warunek przez premierów obu państw nastąpiło 22 maja 2025 (traktat ma wejść w życie dopiero po jego ratyfikowaniu przez oba państwa).