Jego kontakty ze światem zewnętrznym były kontrolowane przez gestapo, które starało się zmusić go do przyjęcia niemieckiej trzeciej grupy narodowościowej. Ks. bp Dominik miał zakaz opuszczania miasta i często bywał na wielogodzinnych przesłuchaniach. Ostatnie z nich odbyło się w lutym 1942 roku. Dnia 4 marca 1942 roku ciężko zachorował i trafił do szpitala Najświętszej Maryi Panny, gdzie zmarł po przeprowadzonym zabiegu operacyjnym. Zgodnie z wyrażoną w testamencie wolą pochowany został na Cmentarzu św. Ignacego na Starych SzkotachJerzy Samp Orunia, Stare Szkoty i Lipce, Wydawnictwo Oskar Gdańsk 2005. Po wojnie, 4 marca 1949 r., szczątki biskupa zostały ekshumowane i przewiezione do Pelplina, gdzie złożono je (7 marca 1949 r.) obok kwatery pomordowanych księży z ówczesnej diecezji chełmińskiej. mały|Grób bpa Konstantyna Dominika w Gdańsku mały|Grób bpa Konstantyna Dominika w Pelplinie Od 1965 r. toczy się proces kanoniczny o jego beatyfikację na etapie diecezjalnym. W 1979 r. ukazał się dekret o procesie beatyfikacyjnym sługi Bożego księdza biskupa Konstantyna Dominika.

Jest patronem ulicy na Oruni Górnej w Gdańsku oraz oddanego do użytku w 1992 parafialnego Domu Sługi Bożego Konstantyna Dominika przy parafii św. Ignacego w Gdańsku oraz patronem ulicy na Wzgórzu Św.