Wody Miasto położone jest nad rzekami Sprewą i Hawelą oraz ich dopływami. Sprewa w dzielnicy Spandau wpada do Haweli, prawego dopływu Łaby. Berlińskie dopływy Sprewy to , Dahme, i . Hawela płynie przez miasto korytem polodowcowym przypominającym jeziora. Bocznymi odnogami Haweli są jeziora Tegeler See i Große Wansee. Do Haweli wpływają strumienie: Tegeler Fließ oraz Bäke. Największym jeziorem na terenie miasta jest jezioro Große Müggelsee położone w dzielnicy Treptow-Köpenick. Obszar wód chronionych w mieście to 212 km², co stanowi prawie jedną czwartą całkowitej powierzchni miasta.
Klimat mały|Okręg administracyjny Mitte Miasto znajduje się w umiarkowanej strefie klimatycznej. Przeciętna temperatura roczna wynosi +9,1 °C, średnia roczna ilość opadów wynosi 581 mm. Najcieplejszymi miesiącami są lipiec (+14,3 °C) i sierpień (+14,1 °C), a najzimniejszy jest styczeń (–1,9 °C) i luty (–1,5 °C). Dokładną statystykę zawiera poniższa tabelaWorld Meteorological Organization.: