Bodzęta stwierdził, że dziesięcina swobodna przynosząc uszczerbek Kościołowi pociąga za sobą grzech śmiertelny. Miara cierpliwości króla się przebrała, gdy do sporów majątkowych biskup dołączył zarzuty o niemoralne prowadzenie się Kazimierza i wstawił się za królową Adelajdą. Kazimierz Wielki postąpił z wysłannikiem biskupa, wikariuszem katedry krakowskiej Marcinem Baryczką, tak jak kilkadziesiąt lat później, Wacław IV Luksemburski z Janem Nepomucenem w podobnej sprawie. Kazał go w grudniu 1349 r. utopić. Baryczka nie zdobył jednak pośmiertnej sławy Czecha. Sytuacja zaogniła się do tego stopnia, że biskup Bodzęta rzucił na króla klątwę.
Na szczęście, mimo dość popędliwego charakteru, Kazimierz nie pokusił się o powiększenie grona męczenników wśród biskupów krakowskich. Przy pomocy zaufanego i ściśle z nim współpracującego arcybiskupa gnieźnieńskiego Jarosława uzyskał w Awinionie zdjęcie ekskomuniki. W ramach pokuty ufundował kilka kościołów ekspiacyjnych (pokutnych), między innymi w Krakowie (kościół św. Katarzyny), w Sandomierzu i Wiślicy. Mediacje arcybiskupa Jarosława doprowadziły również do załagodzenia sporu. W 1352 r. król Kazimierz cofnął zakaz oddawania dziesięciny na rzecz duchowieństwa diecezji krakowskiej.