Organy Układu Powołano organy Układu: Radę Ministrów, Komitet Ambasadorów
oraz parytetowe Zgromadzenie Parlamentarne.
W celu ułatwienia obrotu handlowego powołano parytetowy Komitet Ministrów Handlu,
natomiast w celu pomocy firmom prywatnym Forum Przedsiębiorców Prywatnych AKP-Unia Europejska.
Zgromadzenie Parlamentarne AKP-UE Wspólne Zgromadzenie Parlamentarne AKP-Unia Europejska powstało w następstwie układu o stowarzyszeniu, zwanego Konwencją z Jaunde. Przedstawiciele 77 państw AKP spotykają się dwa razy w roku na posiedzeniu plenarnym, trwającym tydzień, ze swoimi odpowiednikami, posłami do Parlamentu Europejskiego. Posiedzenia Wspólnego Zgromadzenia Parlamentarnego mają miejsce na przemian w jednym z państw AKP i w jednym z państw Unii Europejskiej. Instytucja kieruje się wspólnymi, demokratycznymi zasadami. Wspólne Zgromadzenie zwraca także szczególną uwagę na promowanie praw człowieka i demokracji.