Współautor pierwszej ustawy o radiofonii i telewizji z 1992. W latach 1991–1993 pełnił funkcje członka zarządu i dyrektora generalnego Fundacji Centrum Prasowe dla Krajów Europy Środkowo-Wschodniej (założonej przez SDP, UNESCO oraz World Press Freedom Committee). Od 1995 do 1997 był ekspertem KRRiT, a w latach 1995–2004 ekspertem w zespołach zajmujących się mediami i technologiami informacyjnym działającymi w strukturach Rady Europy. Zajmował stanowisko dyrektora generalnego Krajowej Izby Producentów Audiowizualnych. W latach 2003–2005 był członkiem rady nadzorczej Telewizji Polskiej (od 2004 do 2005 jako jej przewodniczący). Później z rekomendacji środowisk twórczych i z poparciem PO wszedł w skład rady programowej TVP.
W lutym 2008 minister Bogdan Zdrojewski powołał go na stanowisko dyrektora Filmoteki Narodowej (ze skutkiem od marca tegoż roku). Pełnił tę funkcję do listopada 2015.
W czerwcu 2008 Tadeusz Kowalski stanął na czele powołanego w Ministerstwie Kultury i Dziedzictwa Narodowego zespołu ds. przygotowania projektu tzw. nowej ustawy medialnej. W 2011 ponownie został członkiem rady nadzorczej Telewizji Polskiej, zasiadał w niej do 2016.