Wytwórnia była początkowo bardzo sceptycznie nastawiona do zmian jakie zaszły w zespole.
Na kolejnym albumie Under a Funeral Moon zespół coraz bardziej zagłębiał się w black metal wypracowując swój własny styl, który stał się znakiem rozpoznawczym całego gatunku czasem określanego jako norweski black metal. Kontynuacją obranej drogi był także Transilvanian Hunger, album uważany za najlepsze osiągnięcie zespołu, chociaż sami muzycy twierdzą, że nie jest to typowe wydawnictwo Darkthrone. Wszystkie te wczesne płyty charakteryzowały się surowym brzmieniem, produkcją niskiej jakości i muzyczną prostotą.
Kolejny album – Panzerfaust – został wydany pod szyldem norweskiej wytwórni Moonfog. Tekst do utworu "Quintessence" został napisany przez innego norweskiego wykonawcę black metalu – Varg Vikernes.
Ich szósty album Total Death został wydany w 1996 roku, teksty utworów stworzyli znani muzycy norweskiej sceny blackmetalowej.
Płyta Goatlord zawiera nagrania z próby, nagrane na przełomie 1990 i 1991 roku, śpiew został nagrany w 1994 roku. Utwory z tej próby zostały porzucone przez zespół, ze względu na zmianę stylu muzycznego z death na black metal.