We wrześniu 2009 roku zawieszono kursowanie międzywojewódzkich pociągów pasażerskich na całej linii. Od marca 2011 wznowiono kursowanie pociągu TLK z Zamościa do Zielonej Góry, a od 29 kwietnia 2011 sezonowo do końca wakacji uruchomiono połączenia do Bełżca i całoroczne do Zamościa. W sezonie wakacyjnym 2012 w rozkładzie jazdy znalazły się także połączenia Jarosław – Horyniec-Zdrój – Zamość/Lublin przez linię kolejową nr 101.
W ramach programu Kolej+ planowana jest modernizacja linii kolejowej nr 69 połączona elektryfikacją na odcinku Rejowiec – Zawada wraz z budową łącznicy Kolonia – Płoskie Zamojskie, która pozwoli na ominięcie stacji w Zawadzie i ma umożliwić płynny przejazd z Zamościa do Rejowca bez potrzeby zmiany biegu pociągu. 8 listopada 2022 roku podpisano umowę na wykonanie prac.
Charakterystyka techniczna Linia na użytkowanych odcinkach jest klasy D3; maksymalny nacisk osi wynosi 221 kN dla lokomotyw oraz wagonów, a maksymalny nacisk liniowy wynosi 71 kN (na 1 metr bieżący toru).