17 grudnia 2007 roku objął stanowisko podsekretarza stanu w Ministerstwie Gospodarki. 1 grudnia 2011 roku objął tożsame stanowisko w Ministerstwie Skarbu Państwa. 10 czerwca 2015 r. premier Ewa Kopacz poinformowała na konferencji prasowej, że przyjęła jego dymisję, którą polityk złożył w wyniku tzw. afery podsłuchowej.
Po odejściu z rządu objął stanowisko wiceprezydenta wykonawczego Pracodawców Rzeczypospolitej Polskiej. W październiku 2015 r. z ramienia tej organizacji powołany w skład nowo powstałej Rady Dialogu Społecznego. Został też członkiem Rady Fundacji Promocja Polska. W styczniu 2022 r. został wybrany na Prezesa Zarządu Pracodawców RP.
W 2023 r. zrezygnował z tej funkcji w związku z aresztowaniem przez Sąd Rejonowy Katowice-Wschód jako oskarżonego o przestępstwa m.in. tzw. zbrodni z VATArt. 277a. Fałszowanie faktury lub używanie sfałszowanej faktury z kwotą określającą mienie wielkiej wartości. System informacji prawnej LexLege i prania pieniędzyJakub Szczepański. Sąd: Rafał Baniak trafi do aresztu, 3 lutego 2023, interia.pl.Olga Papiernik, Areszt dla Rafała Baniaka i dwóch przedsiębiorców. 3 lutego 2023..
Oprócz R. Baniaka aresztowano m.in.