Prace budowlane zostały zakończone w 1875 lub 1876. Poświęcenie gotowego obiektu miało miejsce 13 maja 1876, ceremonii przewodniczył arcybiskup chełmski i warszawski Leoncjusz. Budowa została sfinansowana z funduszu państwowego przeznaczonego na wznoszenie nowych cerkwi.
Świątynia pozostawała czynna do 1914, gdy prawosławni mieszkańcy Hrubieszowa udali się na bieżeństwo. W pierwszych latach po I wojnie światowej i odzyskaniu niepodległości przez Polskę nadal pozostawała zamknięta – nie figuruje ani w wykazie prawosławnych cerkwi przeznaczonych do otwarcia przez Ministerstwo Wyznań Religijnych i Oświecenia Publicznego z 1919, ani na liście trzydziestu faktycznie otwartych obiektów opracowanej w połowie 1921. Cerkiew w Hrubieszowie została jednak przywrócona do użytku liturgicznego jeszcze w tym samym roku. W wykazie cerkwi prawosławnych w województwie lubelskim w 1923 została wskazana jako jedna z dziewiętnastu czynnych świątyń tego wyznania w powiecie hrubieszowskim, siedziba jednej z siedemnastu parafii dekanatu hrubieszowskiego diecezji warszawsko-chełmskiej.