Budowa szpitala trwała 8 lat. Do prac Beyzym włączył wszystkich podopiecznych na tyle, na ile pozwalał ich stan zdrowia. W 1911 roku oddano do użytku obiekt wyposażony w bieżącą wodę, zatrudniono personel medyczny. Szpital istnieje do dziś pod wezwaniem Matki Boskiej Częstochowskiej.
Prócz pracy z chorymi, o. Beyzym stworzył także słownik polsko-malgaski i pisywał artykuły do prasy misyjnej. W ostatnim okresie życia planował udać się na Sachalin, by tam nieść pomoc więźniom. Wyczerpany pracą, zmarł 2 października 1912 roku na Madagaskarze. Spoczął na cmentarzu w Maranie, a w 1993 roku, po ekshumacji dokonanej w związku z procesem beatyfikacyjnym, jego szczątki zostały złożone w sarkofagu przygotowanym w kaplicy tamtejszego szpitala. Relikwie znajdują się również w bazylice Serca Pana Jezusa przy ul. Kopernika w Krakowie.
Pamiątki Pamiątki po bł. Janie Beyzymie – ryngraf odziedziczony po rodzicach, jego alba, sznur, różaniec, wyroby z drewna jego autorstwa (w tym m.in. krucyfiks, plakieta z Matką Boską Częstochowską, relikwiarzyk), przybory medyczne i wiele innych – przechowywane są w zbiorach Muzeum Towarzystwa Jezusowego Prowincji Polski Południowej w Starej Wsi koło Brzozowa (woj. podkarpackie).