przyjęto kurs na kolektywizację rolnictwa według wzoru Radzieckiego poglądy Stysia okazały się nie do pogodzenia. Krytyczne wypowiedzi tego uczonego o kolektywizacji wsi doprowadziły do serii dyskryminacyjnych posunięć – odwołania z funkcji kierownika katedry ekonomii i odsunięcia od zajęć dydaktycznych w tej dyscyplinie oraz przeniesienia go do katedry historii. Oznaczało to załamanie się działalności tego uczonego na blisko 9 lat. Dopiero po październiku 1956 r. dyskryminacja jego osłabła. W styczniu 1957 wrócił na stanowiska kierownicze w katedrach ekonomii na Uniwersytecie i WSE. Został też pierwszym wybieralnym rektorem WSE i laureatem nagrody miasta Wrocławia, został też odznaczony Krzyżem Oficerskim Orderu Odrodzenia Polski. W roku 1958 otrzymał nominację na profesora zwyczajnego. W roku 1959 wyszło drukiem jego obszerne dzieło pt. „Współzależność rozwoju rodziny chłopskiej i jej gospodarstwa”. Został prezesem Oddziału Wrocławskiego i członkiem Zarządu Głównego PTE. Dwukrotnie wyjeżdżał do Londynu i innych ośrodków w Anglii, wygłaszał tam referaty oparte na własnych badaniach. W 1959 powtórnie został wybrany rektorem WSE, ale wybór ten nie zyskał już akceptacji ministra szkolnictwa wyższego.