Uniwersytet Warszawski był za czasów PRL ważnym ośrodkiem opozycyjnym. W latach 50. XX wieku z powodów politycznych od zajęć ze studentami odsunięci zostali m.in. Władysław Tatarkiewicz, Stanisław Ossowski oraz Maria Ossowska. W październiku 1966 Leszek Kołakowski wygłosił na UW wykład „Rozwój kultury polskiej w ostatnim 10-leciu”, za który wyrzucono go z PZPR. W marcu 1968 roku na uczelni doszło do masowych demonstracji studenckich. Z Uniwersytetu usunięto wówczas Stefana Żółkiewskiego, Zygmunta Baumana, Leszka Kołakowskiego, Bronisława Baczko i Marię Hirszowicz. W latach 1980–1981 działała komisja Senatu ds. analizy niewłaściwych decyzji personalnych władz UW podjętych w latach 1968–1980, której przewodniczył Klemens Szaniawski.
W 1980 utworzono Muzeum Uniwersytetu Warszawskiego, które początkowo mieściło się w Pałacu Kazimierzowskim. W tym samym roku rektorem został Henryk Samsonowicz, który dwa lata później został usunięty ze stanowiska przez władze komunistyczne w czasie stanu wojennego. W tym okresie internowani byli też m.in. Andrzej Bogusławski, Klemens Szaniawski, doc. dr hab. Joanna Mantel-Niećko, doc. dr hab. Jadwiga Puzynina oraz doc. dr hab. Hanna Świda-Ziemba. W 1984 minister Benon Miśkiewicz zablokował wybór Klemensa Szaniawskiego na rektora.
Uniwersytet Warszawski po roku 1989 mały|Budynek Biblioteki Uniwersyteckiej przy ul. Dobrej 56/66