Po upadku powstania listopadowego, w którym uczestniczyło wielu studentów, uniwersytet został zlikwidowany.
Po powstaniu listopadowym (1831–1869)
W ramach represji po klęsce powstania listopadowego nastąpiła likwidacja polskiego szkolnictwa wyższego. Większość zbiorów UW wywieziono do Petersburga. W 1857 roku w Warszawie otwarto Akademię Medyko-Chirurgiczną, która składała się z dwóch wydziałów (lekarskiego i farmaceutycznego). W 1862 akademia stała się częścią Szkoły Głównej Warszawskiej (). SGW posiadała cztery wydziały: (1) Prawa i Administracji, (2) Filologiczno-Historyczny, (3) Matematyczno-Fizyczny i (4) Lekarski. Rektorem uczelni został Józef Mianowski. Szkołę zamknięto 5 lat po spacyfikowaniu powstania styczniowego (w 1869 roku).
Cesarski Uniwersytet Warszawski (1870–1915) mały|Pieczęć Cesarskiego Uniwersytetu Warszawskiego W 1870 roku w miejsce zlikwidowanej SGW otwarto Cesarski Uniwersytet Warszawski () z wykładowym językiem rosyjskim. W trakcie I wojny światowej uniwersytet został przeniesiony do Rostowa nad Donem (1915), gdzie do końca lipca 1917 roku działał jako „Cesarski Uniwersytet Warszawski w m. Rostowie nad Donem” (). Uczelnia została następnie przekształcona postanowieniem Rządu Tymczasowego w Uniwersytet Doński.