W 1406 r. książę Janusz I przeniósł z Czerska do Warszawy kapitułę kolegiacką, w wyniku czego miasto stało się ośrodkiem władzy świeckiej i duchownej. W 1408, w związku z szybkim rozwojem Starej Warszawy, na północ od miasta lokowano Nową Warszawę. Z 1427 pochodzą pierwsze udokumentowane wiadomości o Żydach mieszkających w Starej Warszawie.
XVI–XVIII wiek
thumb|Hołd cara Wasyla IV Szujskiego przed Zygmuntem III Wazą na sejmie warszawskim 1611 roku mały|Bernardo Bellotto, Krakowskie Przedmieście od strony Bramy Krakowskiej, 1767–1768 mały|Rizzi Zannoni, Plan de Varsovie, 1772
W 1526, po śmierci księcia Janusza III, Księstwo mazowieckie wraz z Warszawą zostało włączone do Korony Królestwa Polskiego.
W 1527 roku Warszawa uzyskała przywilej de non tolerandis JudaeisIgnacy Schiper, Dzieje handlu żydowskiego na ziemiach polskich, Warszawa 1937, s. 27.. Uchwalona w 1559 ustawa sejmowa zezwoliła szlachcie na zakup nieruchomości w miastach, co zapoczątkowało rozwój jurydyk.
W 1569 podczas sejmu walnego w Lublinie podjęto decyzję o stałym odbywaniu w Warszawie sejmów walnych Rzeczypospolitej.