W niepodległym księstwie pomorskim Goleniów prosperował. Rozwijał się port rzeczny, rozbudowano także przystań w Inoujściu. Rozwój rzemiosła warunkowało powstawanie cechów, które w XV i XVI wieku powstawały coraz liczniej.
thumb|Goleniów na historycznej mapie Lubinusa z 1617 r. Kolejne epoki to koniec szybkiego rozwoju. W roku 1529 miasto nawiedził niszczycielski pożar. Ludność była jeszcze czterokrotnie w ciągu dwóch stuleci dziesiątkowana w pożarach oraz epidemiach. W XVII wieku swoje piętno odcisnęła wojna trzydziestoletnia. Działania wojenne i rabunki załamały gospodarkę Goleniowa, upadła żegluga i rzemiosło. Pokój westfalski w 1648 roku przyznał miasto Szwecji, pod której władaniem znajdowało się do 1679, kiedy Szwedzi sprzedali Goleniów za 50 tys. talarów Brandenburgii. Cztery lata później ponownie wrócili tu Szwedzi, którzy wycofali się dopiero w 1720 na mocy traktatu sztokholmskiego, kończącego wojnę północną. Swoje panowanie rozpoczęły Prusy. Okres pruski to odbudowa miasta. Obok dawnej osady Wyk powstały nowe przedmieścia, ratusz, spichlerze, szpitale, szkoła. W 1830 miasto zostało połączone ze Szczecinem drogą bitą, a w 1870 koleją (Szczecin Dąbie). Kolejne połączenia kolejowe prowadziły do Gryfic (1882), Wolina i Świnoujścia (1892) oraz Kołobrzegu i Maszewa.