Baza dywizjonu Portem macierzystym i głównym zapleczem okrętów podwodnych był Port Wojenny w Gdyni-Oksywiu, którego Basen Północny został przystosowany dla potrzeb dywizjonu. Administratorem tego terenu i organizatorem zaopatrzenia materiałowo-technicznego była Komenda Portu Wojennego Gdynia. Komenda odpowiedzialna była za dostarczanie na okręty niezbędnego sprzętu, paliw, żywności i innych materiałów. Do realizacji tych zadań komendant portu wojennego dysponował służbami technicznymi, intendentury, uzbrojenia, broni podwodnej, zaopatrzenia nawigacyjnego, łączności, samochodową oraz służby zdrowia, a także zakładami i warsztatami naprawczymi. Komendant portu wojennego był również bezpośrednim przełożonym hulku ORP „Bałtyk” wraz z mieszczącym się na nim Centrum Wyszkolenia Specjalistów Floty oraz Kadry Floty, która była jednostką macierzystą prowadzącą szkolenia unitarne nowo wcielonych.