W dniu 1 sierpnia awansował na podpułkownika (segan alluf) i objął dowództwo nad Brygadą Etzioni działającą w rejonie Jerozolimy. W nocy z 17 na 18 sierpnia zajął pozycje w strefie zdemilitaryzowanej, jednak o świcie Arabowie ostrzelali z artylerii jego pozycje, zmuszając brygadę do odwrotu. Starcie to jest uznawane za największą porażkę militarną w karierze Dajana. Później uczestniczył on w najważniejszych negocjacjach prowadzonych z królem Abdullahem I i Abdullahem at-Tallem w sprawie przyszłego statusu Jerozolimy. W marcu 1949 uczestniczył w negocjacjach z transjordańską delegacją, które odbyły się na wyspie Rodos.
Po wojnie utrzymywał bardzo dobre kontakty z premierem Dawidem Ben Gurionem, co pomogło mu w dalszej karierze wojskowej. W październiku 1949 został szefem Południowego Dowództwa, w randze allufa. W okresie tym przeszedł szkolenie wojskowe dowódców, a następnie odbył studia wojskowe w Wielkiej Brytanii. Po powrocie do kraju, w maju 1952 został szefem Północnego Dowództwa.