Toksyczność nie jest jedynym problemem powodowanym przez zakwity glonów. Martwe glony i sinice toną, przedostając się do dennych warstw morza, gdzie ulegając rozkładowi zużywają tlen szybciej, niż może on zostać uzupełniony w rezultacie naturalnych procesów mieszania. Powoduje to powstawanie przydennych stref deficytu tlenowego, w których zamiera życie. Całkowita powierzchnia dna bałtyckiego na której występuje deficyt tlenowy (poniżej 2 mg/l tlenu w wodzie) wynosiła w ciągu ostatnich 40 lat średnio 49 000 km². W 2010 roku za pomocą obrazowania satelitarnego oszacowano rozmiar powierzchni bałtyckiego zakwitu na 377 000 km². Zajmował on obszar rozciągający się od wybrzeża Niemiec i Polski do Finlandii. W 2016 roku zakwit glonów na Bałtyku był obserwowany niemal nieprzerwanie przez 3 miesiące (20.06-21.09.2016). Obecnie kraje bałtyckie uczestniczą w inicjatywach mających na celu redukcję problemu, głównie poprzez zmniejszenie spływu substancji odżywczych do Bałtyku. Badania nad wpływem ocieplenia klimatu na środowisko Morza Bałtyckiego wskazują, że podejmowane działania mogą się okazać niewystarczająceLiz Kalaugher: Climate change is bad news for Baltic Sea.