W 2001 roku rozbudowano Biuro Oddziału. W tym czasie w Komitecie Oddziału usługiwali: Denton Hopkinson, Felix Salango, Felix Fajardo, David Ledbetter i Raymond Leach. 1 listopada 2003 roku zakończyła się kolejna rozbudowa stołecznego Biura Oddziału. Z wizytą przebywał przedstawiciel Towarzystwa Strażnica – Stephen Lett.
20 sierpnia 2002 roku islamiści z Grupy Abu Sajjafa powiązanej z Al-Ka’idą porwali sześciu Świadków Jehowy, a potem zabili dwóch z nich. 17 lipca 2020 trzech sprawców zostało aresztowanych.
W 2007 roku działalność kaznodziejską prowadziło 155 286 głosicieli. W 2009 roku liczba głosicieli przekroczyła 160 tysięcy. Na Wieczerzy Pańskiej zebrało się 523 200 osób. W roku 2012 liczba głosicieli przekroczyła 181 tysięcy osób.
Do 2013 roku prawie 3000 filipińskich głosicieli przeprowadziło się w regiony kraju, gdzie jest ich niewielu. Po tym jak w listopadzie 2001 roku wdrożono program budowy Sal Królestwa, w sierpniu 2013 roku na Filipinach wzniesiono tysięczny taki obiekt. W latach 2001–2015 wzniesiono przeszło 1100 Sal Królestwa. W roku 2015 liczba głosicieli przekroczyła 200 tysięcy.