Niektórzy profesorowie pozostali na miejscu, niektórzy opuścili Orłową, bojąc się represji niemieckich. W dniach 10-12 kwietnia 1940, a także w maju tego samego roku została przeprowadzona obława policyjna i profesorów aresztowano oraz wywieziono do obozów koncentracyjnych. Straciło tam życie kilkudziesięciu pedagogów wywiezionych z terenu Śląska Cieszyńskiego. W grudniu 1940 gestapo aresztowało dyrektora Piotra Feliksa, który ukrywał się w Krakowie. Został rozstrzelany 3 lipca 1941 w obozie Auschwitz. Inni członkowie grona profesorskiego, absolwenci i uczniowie zostali zamordowani np. w Mauthausen-Gusen (21 osób, najstarszy w wieku 41 lat, najmłodszy 23); w Auschwitz (25 osób, najstarszy 45 lat, najmłodszy 21); w Dachau (5 osób, najstarszy 38 lat, najmłodszy 28). Większość z tych, którzy zginęli w obozach koncentracyjnych, była torturowana i rozstrzelana. Niektórzy zmarli w gettach, podczas działań wojennych, w obozach pracy przymusowej i w mniejszych obozach koncentracyjnych. Młodzież, która uczęszczała do szkół polskich, musiała przenieść się do placówek niemieckich.