W 2003 przystąpił do Związku Liberałów i Centrum, a rok później przeszedł do Związku Ojczyzny.
W wyborach w 2004 ponownie został deputowanym z ramienia konserwatystów. We wrześniu 2008 w trakcie kolejnej kampanii wyborczej zatrzymano go w trakcie prowadzenia samochodu w stanie nietrzeźwości, co stanowiło wykroczenie zagrożone karą grzywny. Po ujawnieniu tego zdarzenia zapowiedział rezygnację z ubiegania się o reelekcję z zarejestrowanej już listy partyjnej, jednak Główna Komisja Wyborcza stwierdziła niemożność wykreślenia jego nazwiska.
Ostatecznie w wyborach parlamentarnych w tym samym roku Egidijus Vareikis przegrał w swoim okręgu wyborczym, natomiast utrzymał mandat poselski dzięki dobremu wynikowi w ramach listy krajowej. W 2012 uzyskał reelekcję na kolejną kadencjęGłówna Komisja Wyborcza – Wybory 2012 . W 2016 dołączył do Litewskiego Związku Zielonych i Rolników. W wyborach w tym samym roku utrzymał mandat poselski na kolejną kadencjęGłówna Komisja Wyborcza – Wybory 2016 .