Fauna Duże rozmiary Isabeli sprawiają, że ochrona przyrody jest trudniejsza niż na mniejszych wyspach archipelagu. Występują tu licznie gatunki zawleczone przez ludzi, stanowiące zagrożenie dla lokalnego ekosystemu (szczególnie koty i szczury). Oprócz legwanów galapagoskich występuje tu inny, endemiczny gatunek legwana, Conolophus marthae. Zimny prąd morski dopływający do zachodniej części wyspy sprawia, że wody wokół niej obfitują w organizmy żywe; naliczono 16 gatunków przypływających tam waleni. Do najbardziej zagrożonych i najrzadszych zwierząt Isabeli należy ptak występujący wyłącznie w lasach namorzynowych na północno-zachodnim wybrzeżu wyspy, kłowacz namorzynowy (Camarhynchus heliobates).
Ostoja ptaków Wyżyny wyspy zostały wyszczególnione jako ostoje ptaków IBA przez BirdLife International w 2005 pod numerem EC104 jako Tierras altas de Isabela. Na decyzję wpłynęła obecność jednego krytycznie zagrożonego gatunku, petrel galapagoski (Pterodroma phaeopygia) oraz dwa narażone, myszołów galapagoski (Buteo galapagoensis) i