ostatecznie samolot rozbił się na polach nieopodal Shanksville w Pensylwanii o 10:03 rano. Śledczy uważają, że miał on trafić w Kapitol lub Biały Dom.
W bezpośrednim następstwie ataku od razu zaczęto wysnuwać podejrzenia o dokonanie zamachu względem terrorystów Al-Ka’idy. Rząd USA w odpowiedzi na ataki zadeklarował tak zwaną wojnę z międzynarodowym terroryzmem i inwazję na Afganistan w celu obalenia rządu talibów mających powiązania z Al-Ka’idą i ukrywających jej liderów. Wojna w tym kraju toczyła się od 2001 do 2021 roku. W 2004 roku lider Al-Ka’idy Usama ibn Ladin przyznał się do atakówhttps://www.cbc.ca/news/world/bin-laden-claims-responsibility-for-9-11-1.513654.. Ataki miały być zemstą za poparcie USA dla Izraela w działaniach przeciwko krajom arabskim i Palestynie, obecność żołnierzy USA w krajach arabskich i sankcje na Irak. Lider Al-Ka’idy został zastrzelony przez siły USA w Pakistanie w 2011 rokuhttps://www.bbc.co.uk/news/world-us-canada-14190032..