We wrześniu 1995 zrezygnował ze stanowiska w ratuszu, by przygotować się i móc wziąć udział w wyborach prezydenckich.
Prezydent W 1996 Alemán został mianowany kandydatem prezydenckim koalicji Sojusz Liberalny, stworzonej przez partię PLC. W wyborach prezydenckich 20 października 1996 zdobył 48% głosów i pokonał kandydata FSLN Daniela Ortegę, który uzyskał 40% głosów poparcia. 10 stycznia 1997 Arnoldo Alemán oficjalnie objął urząd prezydenta Nikaragui. Prezydentura Alemána cechowała się z jednej strony reformami ekonomicznymi, a z drugiej szeroko rozpowszechnioną korupcją. Prezydent Alemán doprowadził do obniżenia poziomu inflacji oraz wzrostu PKB. Sprzyjał również inwestycjom zagranicznym oraz wprowadził program odbudowy systemu drogowego i budowy nowych szkół. Jego sloganem było: „Obras, no palabras” (Działanie, nie słowa). Chcąc zapewnić stabilność swoich rządów, Alemán zawarł strategiczny sojusz z FSLN Daniela Ortegi, oferując sandinistom wiele stanowisk w administracji publicznej.