25 kwietnia 1983 został pochowany na cmentarzu w Głogowie Małopolskim.

Odznaczenia, nagrody, upamiętnienie Za długoletnią pracę przed wojną został odznaczony Medalem Niepodległości (1938). i Srebrnym Krzyżem Zasługi, a po wojnie dwukrotnie Złotym Krzyżem Zasługi (1946., 1954.), Krzyżem Kawalerskim Orderu Odrodzenia Polski, odznaczeniami „za Zasługi dla Województwa Rzeszowskiego”, Odznaką „Zasłużony Działacz Kultury”, Zasłużony Działacz Ochrony Zabytków oraz innymi. W 1979 otrzymał Złotą Odznakę „Za opiekę nad zabytkami”. Otrzymał również Nagrodę Kolberga oraz nagrodę „Profilów”.

W 1979 został Honorowym Obywatelem Miasta Leżajska. Był też honorowym członkiem Towarzystwa Miłośników Ziemi Leżajskiej.

17 września 1990 w Rzeszowie powstało Muzeum Etnograficzne im. Franciszka Kotuli (obecnie Oddział Muzeum Okręgowego), którego kierownikiem od początku był dr Krzysztof Ruszel. Od 1985 przyznawane są nagrody im. Franciszka Kotuli dla twórców ludowych, animatorów kultury oraz placówek popularyzujących folklor, a organizatorem tego przedsięwzięcia jest wspomniane Muzeum Etnograficzne, którym kierował dr Krzysztof Ruszel (1944–2021).

Pod koniec 1990 ul. Jana III Sobieskiego w Rzeszowie przemianowano na ul. Franciszka Kotuli.