Po rozpadzie Związku Radzieckiego thumb|Start rakiet „Кalibr” z okrętów Flotylli W 1991 potencjał sił bazowania morskiego flotylli utrzymywano w trzech bazach morskich: Baku, Astrachań i Machaczkała. W ramach Flotylli funkcjonowała też 11 Grupa Powietrzna z dwoma ekranoplanami „Orlenok” proj. 904 oraz „Luna” proj. 903. W wyniku rozpadu ZSRR dokonano podziału Floty Kaspijskiej. Około. 25% sił bazowania morskiego przekazano Azerbejdżanowi. Pozostałą część podzielono między Rosję, Kazachstan i Turkmenistan. Skutkiem podziału była także utrata przez Rosję bazy morskiej w Baku. W 1994 flotyllę wzmocniły trałowce bazowe z Floty Bałtyckiej i z Dunajskiej Brygady Okrętów. W skład flotylli włączono też pięć kutrów artyleryjskich proj. 1204 Trzmiel. W latach 2002–2006 w skład flotylli weszły fregata proj. 1166.1K Tatarstan oraz korweta artyleryjską proj. 1265 Astrachań. W składzie WB do 2008 utrzymano 847 brzegowy dywizjon artylerii rakietowej.