Rozwadowski nadal działał w polityce. W latach 1920–1928 był prezesem Związku Ludowo-Narodowego w Małopolsce Wschodniej, a później prezesem Stronnictwa Narodowego. W czasie organizowania Obozu Wielkiej Polski częstym gościem w domu Rozwadowskiego był Roman Dmowski.
W 1924 roku Rozwadowski po raz drugi się ożenił. Jego żoną została Jadwiga z Łosiów.
W latach 1925–1927 należał do Rady Głównej Ligi Narodowej, a później do Straży Narodowej. Aktywnie pomagał działaczom i młodzieży prześladowanej po 1926 roku przez władze sanacyjne.
Jan Emanuel Rozwadowski zmarł nagle 19 marca 1935 roku podczas pobytu w Warszawie. Uroczysty pogrzeb odbył się 22 marca 1935 roku we Lwowie. Mszę świętą za duszę zmarłego odprawili arcybiskupi Bolesław Twardowski i Józef Teodorowicz.
Rodzina Był synem powstańca styczniowego Bartłomieja Rozwadowskiego (1846-1882), uchodzącego za człowieka niezwykle wykształconego, absolwenta Uniwersytetów Krakowskiego i Lwowskiego, słuchacza kursów literacko-filozoficznych na Sorbonie. Matką Jana była bliska krewna Rozwadowskich Maria z Szymanowskich herbu Ślepowron. Jan miał liczne rodzeństwo, poza żyjącymi tylko kilka tygodni Szymonem i Mieczysławem, byli to Zofia Dembińska, Aniela Komornicka, Wincenty Rozwadowski i Franciszek Rozwadowski. Bliskimi krewnymi Jana byli m.in.