23 stycznia 2010 przeniósł się do Hamburger SV. W styczniu 2011 roku w związku z kontuzją Gonzala Higuaina, Real Madryt postanowił sprowadzić z powrotem. Klub Hamburger SV nie wyraził jednak zgody na transfer holenderskiego napastnika, mimo że Ruud van Nistelrooy zaoferował sfinansowanie części kosztów z własnej kieszeni. W związku z tym van Nistelrooy zapowiedział, że w Niemczech będzie grał tylko do końca sezonu 2010/2011.
Od sezonu 2011/2012 Van Nistelrooy reprezentował barwy hiszpańskiej Malagi. Do klubu przeszedł na zasadzie wolnego transferu. Swoją pierwszą bramkę zdobył 1 października 2011 roku, w wygranym 3:2 meczu z Getafe CF. Sezon 2011/2012 zakończył z 28 meczami i 4 bramkami w lidze, natomiast jego drużyna zajęła czwarte miejsce i zapewniła sobie udział w grze w eliminacjach Ligi Mistrzów.
14 maja 2012 Ruud van Nistelrooy ogłosił zakończenie piłkarskiej kariery.
Na początku sezonu 2024/2025 został asystentem trenera Manchesteru United. 28 października 2024 roku tymczasowo zastąpił na stanowisku menadżera Erika ten Haga. W nowej roli zadebiutował dwa dni później w wygranym 5:2 meczu przeciwko Leicester City.