W 2009 roku spadł z klubem do 2. Bundesligi.
W tym samym roku Kapllani został graczem ekipy FC Augsburg, również grającej w 2. Bundeslidze. Zadebiutował tam 9 sierpnia 2009 roku w przegranym 1:3 ligowym pojedynku z Energie Cottbus. Od stycznia 2010 roku do końca sezonu 2009/2010 przebywał na wypożyczeniu w TuS Koblenz, również z 2. Bundesligi.
W sierpniu 2010 roku został natomiast wypożyczony do klubu SC Paderborn 07, także występującego w 2. Bundeslidze. W 2012 przeszedł do FSV Frankfurt.
Sezon Klub Kraj Rozgrywki Mecze Bramki 1998/99 Teuta Durrës
Kategoria Superiore 0 0 1999/00 Partizani Tirana
Kategoria Superiore 15 1 2000/01 Partizani Tirana
Kategoria e Parë ? ? 2001/02 NK Orijent Rijeka
Druga HNL 7 3 2002/03 Partizani Tirana
Kategoria Superiore 18 5 2003/04 KS Besa
Kategoria Superiore 35 12 2004/05 Karlsruher SC
2. Bundesliga 15 1 2005/06 Karlsruher SC
2. Bundesliga 25 6 2006/07 Karlsruher SC
2. Bundesliga 30 17 2007/08 Karlsruher SC
Bundesliga 28 2 2008/09 Karlsruher SC
Bundesliga 20 0 2009/10 FC Augsburg
2. Bundesliga 2 0 2009/10 TuS Koblenz
2. Bundesliga 17 5 2010/11 SC Paderborn 07
2. Bundesliga 23 8 2011/12 FC Augsburg
Bundesliga 6 1 2012/13 FSV Frankfurt
2. Bundesliga 26 11 2013/14 FSV Frankfurt
2.