Twórczość Artysta tworzył w stylu zbliżonym do prerafaelitów, malował obrazy o tematyce religijne, historycznej i fantastycznej. Wydał dwa tomy poezji (By a Painter w 1861 i Spindrift w 1867), interesował się również rzeźbą. Wspólnie z bratem Wallerem H. Patonem zilustrował dwa tomiki poezji Roberta Burnsa Lays of the Scottish Cavaliers i Poems and Songs. Samodzielnie wykonał też ilustracje do Water Babies Charlesa Kingsleya, projektował też witraże.
Joseph Paton osiągnął znaczny sukces artystyczny i stał się popularnym artystą w wiktoriańskiej Anglii. Utrzymywał kontakty m.in. z Millais’em i Ruskinem; był również znanym kolekcjonerem broni i zbroi. Jego prace kupowała królowa Wiktoria.
Wybrane prace The Angel and Sir Galahad The Bluidie Tryst (1855) Calvary (1849) The Fairy Raid: Carrying off a Changeling – Midsummer Eve (1867) Faust in the Witch’s Kitchen (1848) Hesperus The Evening Star Sacred to Lovers (1857) Home (1856) How an Angel Rowed Sir Galahad Across the Dern Mere (1888) In Die Malo (1882) In Memoriam (1858) Mors Janua Vitae (1866) Oberon and the Mermaid (1888) Oskold and the Ell-Maids (1874) Paolo and Francesca Da Rimini (1866) The Pursuit of Pleasure (1855) The Quarrel of Oberon and Titania (1846) Queen Margaret and