Po powrocie na Ukrainę naddnieprzańską osiadł w Subotowie nad Taśminą (niemal naprzeciw Czehrynia), gdzie parę lat wcześniej ojciec postawił chutor.

Około roku 1625 ożenił się z Anną, siostrą Jakyma Somki, bogatego Kozaka perejasławskiego, który dorobił się na handlu. Miał z nią liczne potomstwo, o czym mówi zapis w bezimiennym diariuszuJ. Kaczmarczyk, s. 18.: „Z obozu pod Białopolem d. 14 October r. 1651. Zjechała się była wszystka rodzina Chmielnickiego, żona z dziatkami, cztery córki już dorastające i synów dwóch młodszych, a trzeci ten Tymoszek starszy”. Synami B. Chmielnickiego byli m.in.: Tymofiej (1632–1653) i Jerzy (1641–1685).

W 1637 został pisarzem wojska zaporoskiego (jako taki podpisywał 24 grudnia kapitulację powstania kozackiego Pawluka po klęsce pod Kumejkami i posłował do Warszawy jako członek delegacji kozackiej mającej prosić sejm o łaskawe potraktowanie upokorzonych Kozaków), a po ugodzie w Masłowym Stawie został setnikiem kurenia czehryńskiego. Zetknął się tam z mianowanym po śmierci hetmana Stanisława Koniecpolskiego podstarościm Danielem Czaplińskim, który w jakiś czas później dokonał zajazdu i zagrabił chutor Chmielnickiego Subotów – nadany ongiś Michałowi Chmielnickiemu przez Jana Daniłowicza. Stanisław, a później Aleksander Koniecpolscy mieli nadane przez króla po Daniłowiczu starostwo czehryńskie.