Dwa lata później wybudowano pierwszy klasztor na terenie Ufy, a w roku 1579 lub 1584 zbudowano drewnianą Cerkiew pod wezwaniem Matki Bożej Kazańskiej.
Prawa miejskie otrzymała w 1586 roku.
XVII wiek Miasto było oblegane przez Kałmuków; najpierw na początku lat 20., gdzie Ufa była oblegana przez 80 tysięcy kałmuckich żołnierzy, jednak konflikt Rosji z Kałmukami został rozwiązany drogą dyplomacji. Dla bezpieczeństwa miasta utworzono pułk złożony z Kozaków, który w 1633, 1636 i 1640 odparł atak na miasto ze strony Kałmuków, mimo licznych strat ze strony Kozaków.
W latach 70. wybudowano fortecę, mającą łączną długość murów wynoszącą 2,4 km.
W latach 1682–1684 Kałmucy z pomocą Nogajów i Tatarów ponownie oblegali miasto i plądrowali podmiejskie wsie, jednak również nie udało im się zdobyć Ufy, ponosząc ciężkie straty.
XVIII wiek W latach 1707–1708 miała miejsce blokada miasta z powodu buntu Baszkirów.
W tym roku otworzono pierwszą instytucję edukacyjną w Ufie; była to szkoła dla dzieci żołnierzy.