Jeszcze w toku śledztwa przygotowawczego, wobec braku wątpliwości odnośnie do winy, Cerkiew prawosławna pozbawiła zabójcę stanu duchownego, przed sądem stawał on już jako świecki, Paweł Łatyszenko.

Łatyszenko, uznany przez biegłych za poczytalnego, stanął przed sądem okręgowym w Warszawie oskarżony o mord na osobie urzędowej z powodu i w czasie wykonywania przez nią obowiązków służbowychArt. 155 ust. 3 Kodeksu Tagancewa. Prokurator Kazimierz Rudnicki skutecznie przekonał sąd, że za takiego urzędnika należy uznać metropolitę, który sprawował czynności swe za zgodą rządu polskiego i pobierał pensję. Jako motyw działania prokurator wskazywał pobudki osobiste – zemstę za suspendowanie. Obronie, w tym adwokatowi Tadeuszowi Wróblewskiemu nie udało się przekonać sądu, że Łatyszenko działał w afekcie. 27 września 1924 zapadł wyrok 12 lat pozbawienia wolności, który na mocy ustawy o amnestii skrócony został o 1/3, czyli do 8 lat.

W grudniu 1924 r. władze radzieckie zaproponowały wymianę Łatyszenki na aresztowanego miesiąc wcześniej w Leningradzie polskiego księdza Bronisława Ussasa, jednak władze polskie odmówiły.

Łatyszenko karę odbył w całości i opuścił więzienie na warszawskim Mokotowie 27 września 1932.