Odtąd Marselisborg jest letnią rezydencją duńskiej rodziny królewskiej na Jutlandii i jest przekazywany każdemu następnemu panującemu. W pałacu miał miejsce pewien epizod związany z Polską: w dniu 29 sierpnia 1939 r. wakacje króla Chrystiana X w Marselisborgu zostały przerwane telegramem wzywającym go do natychmiastowego powrotu do Kopenhagi w związku ze spodziewanym wybuchem wojny.Buchwaldt R.: Marselisborg. Slot og fristed, Hernovs Forlag 2000, str. 85. W okresie okupacji niemieckiej (1940-45), król nie przebywał w Marselisborgu. W pałacu wielokrotnie gościli z prywatnymi wizytami obcy monarchowie. W 1907 r. była tutaj cesarzowa niemiecka Augusta Wiktoria, ⁣Buchwaldt R.: Marselisborg. Slot og fristed, Hernovs Forlag 2000, str. 83. a w 1948 r. król Norwegii Haakon VII.Buchwaldt R.: Marselisborg. Slot og fristed, Hernovs Forlag 2000, str. 92. Po śmierci królowej-matki Aleksandry Meklemburskiej (1952) Marselisborg przejął jej syn, Fryderyk IX, który w 1968 r. przekazał pałac swojej córce i dziedziczce korony duńskiej, przyszłej Małgorzacie II. Marselisborg poddano wtedy renowacji.