W 1915 zerwała umowę z teatrem operowym w Wenecji i wróciła do Lwowa, martwiąc się o los rodziny. Podczas I wojny światowej śpiewała dla żołnierzy w szpitalach wojskowych Wiednia, Innsbrucka, Krakowa i Stanisławowa. W 1916 zamieszkała w Warszawie, a w końcu sezonu 1916/17 zaangażowała się do stołecznej opery i pozostała jej czołową solistką do 1931.
Wykonywała rozległy repertuar, m.in. partie Tatiany w „Eugeniuszu Onieginie”, Mimi w „Cyganerii”, a przede wszystkim tytułową rolę w „Madame Butterfly”. Pomimo bycia sopranem lirycznym, śpiewała również dramatyczne partie w operach takich, jak Halka, Tosca, Mefistofeles, czyy Walkiria. Osobny dział w repertuarze Marii Mokrzyckiej stanowiły opery polskie — między innymi śpiewała partię tytułową podczas prapremiery Hagith Szymanowskiego, kreowała też główną rolę w pierwszym polskim przedstawieniu opery Różyckiego Eros i Psyche.
W 1931 wycofała się ze sceny operowej i poświęciła pracy pedagogicznej. Była wykładowcą w Wyższej Szkole Muzycznej im. Fryderyka Chopina oraz w PWST w Warszawie. Zmarła 15 maja 1971 podczas letniego pobytu w Schronisku Artystów Weteranów Scen Polskich w Skolimowie.