Nadzór nad komórką z ramienia kierownictwa ministerstwa objął szef Służby Bezpieczeństwa (w randze podsekretarza stanu), jednostkami terenowymi pionu stały się wydziały VI WUSW.
Oprócz zadań operacyjnych związanych z rolnictwem, gospodarką żywnościową i leśnictwem (wydzielonych z Departamentu IV MSW) w sferze zainteresowań nowo powstałego Departamentu VI MSW znalazły się również sprawy kontroli sektora gospodarki wodnej, ochrony środowiska i zasobów naturalnych oraz szkolnictwa rolniczego i leśniczego (przeniesione z Departamentu III MSW), a także kwestie kontroli przemysłu drzewnego i papierniczego oraz handlu zagranicznego artykułami rolno-spożywczymi (przeniesione z Departamentu V MSW, zorganizowanego w grudniu 1981 r. w miejsce Departamentu IIIA MSW).
Pod koniec lat 80. struktura organizacyjna Departamentu VI MSW przedstawiała się następująco: Wydział I (funkcje informacyjno-analityczne) Wydział II (ochrona operacyjna gospodarki rolnej) Wydział III (ochrona operacyjna przemysłu rolno-spożywczego) Wydział IV (ochrona operacyjna leśnictwa, przemysłu drzewnego, gospodarki wodnej i ochrony środowiska) Wydział V (kontrola operacyjna rolniczych organizacji społeczno-politycznych) Wydział VI (obsługa kadrowa, finansowa i kancelaryjna)