We wrześniu 1919 roku ks. Skorupka został przeniesiony przez władze kościelne do Warszawy i objął stanowisko notariusza i archiwisty Kurii Metropolitalnej Warszawskiej. Jednocześnie był kapelanem Ogniska Rodziny Maryi przy ul. Zamoyskiego 30, prowadzonego przez siostry franciszkanki dla sierot i prefektem w kilku szkołach. Placówką w tym czasie kierowała siostra Matylda Getter. Prócz obowiązków w sierocińcu sprawował również funkcję notariusza i archiwisty kurii metropolitalnej. Ksiądz Ignacy Skorupka głosił kazania w kościołach warszawskich, m.in. w Wielkim Poście w 1920 roku w katedrze warszawskiej św. Jana Chrzciciela. W tym okresie pełnił funkcję komendanta męskiego hufca Okręgu Łódzkiego ZHP.
Bitwa Warszawska W początku lipca 1920 roku, wobec zbliżania się wojsk bolszewickich, poprosił władze kościelne o zgodę na objęcie funkcji kapelana wojskowego. Początkowo jej nie uzyskał, dopiero dzięki poparciu biskupa polowego Wojska Polskiego Stanisława Galla został w końcu lipca kapelanem garnizonu praskiego. W koszarach i na dworcach spowiadał żołnierzy ruszających na front. Dnia 7 lub 8 sierpnia został na własną prośbę mianowany kapelanem lotnym I batalionu 236 pułku piechoty Armii Ochotniczej. Batalion ten formował się w budynku szkoły im.