Reformacja W XVI wieku Szwajcaria stała się jednym z centrów reformacji. Uldrich Zwingli i Jan Kalwin prowadzili swoją działalność w miastach, będących siedzibą władz lokalnych. Wojny religijne doprowadziły w 1531 do podziału wyznaniowego Szwajcarii. W 1648 niepodległość Szwajcarii została potwierdzona przez pokój westfalski. W drugiej połowie XVII wieku Szwajcaria przygarnęła hugenockich uciekinierów z Francji, wskutek czego odnotowała wzrost gospodarczy, bowiem Hugenoci trudnili się przeważnie rzemiosłem.
Rewolucja francuska Brak scentralizowanej władzy wywołał w XVIII wieku kryzys polityczny i społeczny. Władzę sprawowali bogaci mieszczanie i szlachta, co stało się główną przyczyną buntów reszty społeczeństwa. Pod wpływem nastrojów w sąsiedniej Francji w Szwajcarii dochodziło do powstania zrzeszeń o poglądach rewolucyjnych. W 1798 działacze liberalno-lewicowi w porozumieniu z rządem francuskim doprowadzili do wybuchu powstania w Vaud. Na skutek działań zbrojnych tzw. Stara Konfederacja Szwajcarska została zastąpiona nowym państwem o nazwie Republika Helwecka. Kryzys wewnętrzny ułatwił Francuzom interwencję w sprawy Szwajcarii. Napoleon Bonaparte narzucił jej nową konstytucję zwaną Aktem Mediacyjnym, która uzależniała Szwajcarów od Francji i wymusiła na nich udział w wojnach napoleońskich po stronie Napoleona.