25 kwietnia 2006 roku Zidane zapowiedział, że po mundialu 2006 definitywnie zakończy reprezentacyjną karierę.
27 maja tego samego roku Zidane zaliczył swój setny występ w reprezentacji Francji, kiedy to w rozegranym na Stade de France towarzyskim meczu „Trójkolorowi” pokonali 1:0 Meksyk. Był to ostatni mecz, jaki piłkarz rozegrał na tym stadionie. Zidane został czwartym zawodnikiem w historii drużyny narodowej Francji, który rozegrał dla niej co najmniej 100 meczów. Wcześniej dokonali tego Marcel Desailly, Didier Deschamps i Lilian Thuram.
Mundial 2006 thumb|Zidane podczas finału Mistrzostw Świata 2006 Mistrzostwa Świata 2006 Francuzi rozpoczęli od bezbramkowego remisu ze Szwajcarami. W drugim meczu grupowym zaledwie zremisowali 1:1 z Koreą Południową i o ich awansie do dalszej fazy turnieju miał zadecydował ostatni pojedynek z Togo. Zidane w obu pierwszych spotkaniach został ukarany żółtą kartką i nie mógł wystąpić w spotkaniu z podopiecznymi Otto Pfistera. Francuzi zwyciężyli ostatecznie 2:0 i wyszli z grupy z drugiego miejsca.