W 1588 uczył również retoryki w szkole przygotowawczej w Krakowie.
W latach 1589–1590 studiował na uniwersytecie w Padwie, kończąc go doktoratem z medycyny. Starał się o nostryfikację swojego padewskiego dyplomu na Wydziale Lekarskim, jednak nie pozwolono mu na dołączenie do Wydziału i Petrycy powrócił do nauczania na Wydziale Artium. Kontynuował jednak swoje starania i w 1591 odbył publiczną dysputę inkorporacyjną (responsio pro loco) o objawach i leczeniu kiły. Nadal jednak odmawiano mu przyjęcia na Wydział Lekarski i zniechęcony Petrycy wyjechał do Lwowa. Tu ożenił się i osiadł, otworzył własną praktykę lekarską. Zgon żony (28 lutego 1596) i jedynej córki, Zuzanny, oraz przegrany proces o schedę po teściu, skłoniły go do powrotu do Krakowa (ok. 1600).
W 1601 objął stanowisko lekarza przybocznego biskupa krakowskiego kardynała Bernarda Maciejowskiego. Rozpoczął się okres dworski w życiu Petrycego. Związał się z rodem Mniszchów i w 1606 wraz z orszakiem Maryny Mniszchówny udał się na jej wesele z Dymitrem Samozwańcem w Moskwie. Uniknął śmierci w rzezi Polaków, zostając pojmanym przez Rosjan i uwięzionym (do września 1607). W tym czasie zaginął bez wieści jego młodszy syn Gabriel.